百赞星人的妻子女百赞星人为了给丈夫报仇，派黑色奥特曼夏德奥特曼来到了地球。哉阿斯奥特曼在南极被夏德打败了。受着战败的影响，朝日胜人（关口正晴饰）失去信心，从MYDO辞职了。然而，女百赞星人固执地要让哉阿斯在地球人面前被杀死，女百赞星人用夏德星人的主控制光线绑架人类，其中就有胜人所爱的MYDO女队员星见透（高冈由香饰）……
在都市内出现了连续女性被杀事件。经警察调察，犯案者是异形怪物，而主角·风祭真因为一直发着相关事件的梦而备受困扰……风祭真的父亲是遗传学研究所里的科学家。而真则自愿成为了研制不治之病的实验品，但却被疯狂的科学家·鬼塚实行的现阶段最危险的生化实验·Lv3的遗传因子操作实验而变成了生化战士：真·假面骑士。但鬼塚最大的目的就是要将真供幕后BOSS·“财团”作为军事武器。真最后逃出了『财团』的魔掌，并且与“财团”的超级改造战士·豪岛展开生死战！
